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如果有人告诉你，在你的口腔和肠道深处，潜伏着一种完全不符合现代生物学分类的“外星”生命形式，你作何感想？这并非科幻小说的情节，而是生物学界的一场真实地震。斯坦福大学的科学家们，在诺贝尔奖得主安德鲁·费尔（Andrew Fire）的率领下，从人体微生物组的浩瀚数据中，挖掘出了一类前所未见的RNA实体。
这些微小的遗传结构因其独特的棒状折叠形态被命名为“方尖碑”（Obelisks）。它们既不是病毒，也不是细菌，更不像任何已知的质粒。它们就像是一群长期“偷渡”在人类体内的隐形乘客，挑战着我们对“生命”二字的传统定义。
躲在数据阴影里的“幽灵”这项发现最令人震惊之处，不在于“方尖碑”有多罕见，而在于它们其实“无处不在”，却长期被视而不见。
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© 科学家们刚刚发现一种隐藏在你体内的奇怪新生命体
长久以来，科学家们利用宏基因组测序技术扫描人体微生物时，往往只关注那些已知的基因序列——寻找病毒、细菌或是人类自身的DNA片段。凡是不符合这些已知模式的序列，通常被视为“垃圾数据”或背景噪音而被过滤掉。然而中金宸大，费尔团队做了一件反直觉的事：他们专门去倾听这些“噪音”。
利用专门开发的高通量生物信息学工具，研究人员重新筛查了公共数据库中庞大的基因组文库。结果令人咋舌：在从全球各地采集的人类口腔和肠道样本中，他们识别出了近30000种（注：原文为3000多种，结合最新权威资料扩充背景）独特的“方尖碑”结构。这些RNA形成了一个封闭的环，长度约为1000个核苷酸，它们折叠成紧致的棒状结构，酷似古埃及的方尖碑纪念碑。
这种结构简单得令人难以置信。它们没有蛋白质外壳来保护自己——这是病毒的标准配置；它们也不像细菌那样拥有复杂的细胞器。它们本质上就是一段“裸奔”的遗传代码。但就是这样简单的结构，却表现出了惊人的适应性，广泛存在于世界各地不同人群的体内，甚至在某些样本中，超过50%的口腔细菌里都携带这种神秘代码。
挑战生命定义的“第三类接触”“方尖碑”的出现，给分类学家出了一个巨大的难题。它们究竟是什么？
在生物学教科书中，病毒通常由遗传物质（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成，通过感染细胞来复制。而另一种更为原始的病原体——类病毒（Viroids），则仅仅由环状RNA组成，不编码任何蛋白质。但问题在于，类病毒此前只被发现存在于植物中，从未在动物或人类相关的微生物中现身。
“方尖碑”打破了这道界限。它们虽然在结构上类似于植物类病毒，但其基因序列却完全不同，而且具备特定的“方尖碑”特征性基因。研究发现，这些RNA环虽然主要不编码蛋白质，但部分变体似乎包含了一种被称为“Obulin”的神秘蛋白质编码指令，尽管这种蛋白质的功能至今仍是个谜。
这种“四不像”的特性，使得“方尖碑”成为一种处于生命与非生命边界的临界实体。它们寄生在细菌内部（例如常见的血链球菌），利用宿主的机制进行复制，但它们既不杀死宿主，似乎也不为宿主提供明显的生存优势。这种“温和”的共存状态，让它们在漫长的进化岁月中成功躲过了免疫系统的雷达。
演化的活化石还是基因寄生虫？图片
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本研究利用源自两种人类诱导多能干细胞系的脑类器官来模拟糖皮质激素（GCs）的作用。研究设置了六种处理条件，每种条件重复四次。类器官从第60天开始接受为期10天的慢性GC处理（100 nM地塞米松）或溶剂对照（DMSO），并在第70天采集样本。随后，将这些第70天的样本继续培养20天，不进行任何处理，从而得到四种第90天的处理条件：分别进行或不进行12小时的急性GC处理。研究人员进行了单细胞RNA测序和ATAC测序，以检测处理后转录因子活性和谱系轨迹的变化。图片来源：bioRxiv
对于科学界而言，“方尖碑”的发现不仅是多了一个新物种，更可能是一把解开生命起源之谜的钥匙。
深度分析认为，这可能为著名的“RNA世界假说”提供了新的实证支持。该假说认为，在DNA和蛋白质出现之前，早期地球上的生命形式完全依赖于RNA既作为遗传载体又作为催化剂。像“方尖碑”这样结构简单、自我复制的RNA实体，极有可能是远古生命形式孑遗至今的“活化石”。它们在复杂的细胞生命进化出来后，选择了一条退化或寄生的道路，隐藏在细菌的微观宇宙中延续至今。
另一方面，这一发现也揭示了人体微生物组中存在着巨大的“生物暗物质”。我们过去以为自己已经通过基因测序看清了人体内的所有居民，但“方尖碑”的存在证明，我们所知的可能只是冰山一角。这些由RNA构成的微小实体，可能是一个庞大的、未被探索的生态系统的一部分。
目前，科学家们尚未发现“方尖碑”对人体健康有直接的负面影响。它们不引起明显的炎症，也不导致已知的疾病。然而，它们作为一种遗传信息的载体，是否会在细菌之间水平转移基因？是否会影响肠道菌群的代谢功能？甚至，它们是否会成为未来基因疗法的潜在载体？
正如斯坦福团队所言，我们刚刚推开了这扇门。在这个微观的新世界里，这些古老而神秘的“方尖碑”静静地矗立着中金宸大，上面刻满了我们尚无法完全解读的生命密码。随着研究的深入，这一发现或将重写微生物学、进化生物学乃至病毒学的篇章，迫使我们重新审视那个我们自以为熟悉的人体内部宇宙。
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